Tổng dân số của Đông Malaysia năm 2010 được ước tính là 5,7 triệu người (3,2 triệu tại Sabah và 2,5 triệu tại Sarawak), chiếm khoảng 20% dân số toàn Malaysia[12]. Một số lượng đáng kể dân của Đông Malaysia ngày nay đang sinh sống tại các thị trần và thành phố. Thành phố và trung tâm đô thị lớn nhất là Kuching, thủ phủ của Sarawak với dân số là 600.000 người. Kota Kinabalu, thủ phủ của Sabah là thành phố lớn thứ hai và là một trong những thành phố quan trọng nhất tại Đông Malaysia. Kuching, Kota Kinabalu và Miri là ba nơi duy nhất có địa vị là thành phố ở Đông Malaysia. Các đô thị quan trọng khác là Sandakan và Tawau ở Sabah và Sibu, Bintulu ở Sarawak.

Những người định cứ sớm nhất tại Đông Malaysia là người Dayak cà các nhóm dân tộc liên quan khác như người Dusun. Các cư dân bản địa cấu thành một phần quan trọng trong thành phần dân cư tại Đông Malaysia, tuy nhiên họ không phải là nhóm chiếm đa số. Đã có những cuộc di cư đáng kể tới Đông Malaysia và Borneo từ những nơi khác của Quần đảo Mã Lai từ hàng trăm năm trước, như từ Java, Quần đảo Sunda nhỏ, Sulawesi và Sulu. Thời kỳ cận đại còn có những người nhập cư đến từ những vùng xa ơn như Trung Quốc hay Ấn Độ.

Các cư dân bản địa vốn tin theo thuyết vật linh, ảnh hưởng của Hồi giáo đã lan tới Đông Malaysia sớm nhất từ thế kỷ XV trong khi Thiên Chúa giáo bắt đầu có ảnh hưởng từ thế kỷ XIX. Người bản địa ở Đông Malaysia thường ủng hộ và duy trì văn hóa phương ngữ riêng biệt so với tiếng Mã Lai, cộng thêm ngôn ngữ bản địa của họ. Xấp xỉ 13% dân số Sabah và 26% dân số Sarawak là người Malaysia gốc Hoa.